南關清真寺建于民國二十三年(公元1934年),經馬步芳親自批準動工修建,當時寺院占地面積800平方米。據傳1934年南關地區人煙稀少,大約百分之八十的土地都是菜地,居住在附近的回族群眾有18戶人家,老人們每天做禮拜要前往東關清真大寺,困難較大,很不方便。為此當地回族群眾集資部分錢,從農民劉寡婦手中買來土地一塊,修建土木結構的西房三間,作為禮拜大殿,北房三間為學生房并請買成章阿訇任教。后來此地居住人家逐年增多,禮拜人數隨之增加,原大殿和學房容納不下,由蘇啟錄、馬福成、巴家阿爺、楊生春聯名倡議并向馬步芳上 書--,要求在南關地區修一清真寺,由于信教群眾的迫切要求,促使馬步芳答應在此地修建寺院。當時修建大殿一座五間,北房五間,西房二間,東房三間,水塘三間,各項建筑落成后,由買成章阿訇繼續任教,三年后又請甘肅河州阿訇任教,以后由張巴、果園家、馬玉德阿訇、湟中魯沙爾阿訇馬明春先后任教。民國三十七年末(1948年),因馬步芳進行裁減阿訇、滿拉,所以馬明春辭學回魯沙爾。寺院請索麻尼阿訇任教三年。馬生林繼任三個月后由冶順禎阿訇任教至1958年宗教改革。
宗教改革后,1958年至1960年,寺院由西寧市刺繡廠占用。1961年至1979年間,又由城東區南小街小學所占用。1979年黨的十一屆三中全會落實民族宗教政策時南小街小學所占用的房屋歸還給寺院。本方信教群眾集資二十萬元(其中有本寺三萬七千三百元)經城東區宗教部門批準,對南關清真寺進行擴建。
寺內建造磚混結構禮拜大殿五間,面積為108平方米,建二層磚混結構東房八間,二層北房十四間,二層西房十二間,水塘七間,高約十五米的喚醒樓一座。該寺附近居住的信教群眾1600余戶。清真寺有臥各夫房屋一百四十三間,全部出租,租金全部用于養寺經費。
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